Ada dua jenis keanggotaan di PTAKI, yaitu Anggota Institusi dan Anggota Profesi.

Anggota Institusi adalah lembaga pendidikan teologi/pendidikan agama Kristen yang melayani orang-orang, yang mematuhi Pernyataan Iman, terdaftar di Kementerian Agama Republik Indonesia, Bimas Kristen,  Pangkalan Data Pendidikan Tinggi (PDDIKTI) atau dan Badan Akreditsi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT).

Iuran per tahun kepada Perkumpulan Teolog Agama Kristen Indonesia dari setiap Anggota Institusi Perguruan Tinggi yang bergabung sebesar Rp. 500.000 per tahun.

Anggota Institusi yang telah membayar akan mendapatkan e-sertifikat Anggota Institusi

Anggota Profesi adalah orang-orang profesional yang melayani-bekerja di pendidikan teologi/pendidikan agama Kristen dengan sekurang-kurangnya memiliki gelar pascasarjana, dan atau memiliki Nomor Induk Dosen Nasional (NIDN).

Iuran per tahun kepada Perkumpulan Teolog Agama Kristen Indonesia dari setiap Anggota Profesi Perguruan Tinggi yang bergabung sebesar Rp. 100.000 per tahun.

Anggota Profesi yang telah membayar akan mendapatkan e-sertifikat Anggota Profesi

Baik Anggota Institusi maupun Profesi membayar biaya keanggotaan tahunan.

Sekolah yang ingin menjadi anggota PTAKI harus meninjau Petunjuk Pendaftaran Keanggotaan Asosiasi atau Petunjuk Pendaftaran Keanggotaan Profesi. Kemudian melengkapi formulir pendaftaran sesuai dengan Prosedur Terkait Keanggotaan di PTAKI. Biaya Keanggotaan, ditagih setiap tahunnya kepada para anggota Institusi dan Profesi. Batas waktu pengajuan permohonan adalah tanggal 1 September tahun sebelum Pertemuan Tahunan PTAKI, yang diadakan pada bulan Juli tahun genap.

Institusi/Profesi yang ingin memperbarui Keanggotaan Asosiasi harus mengikuti Pedoman Pembaruan Keanggotaan Asosiasi.